הטיפול כולו עורך כשעה, הכוללת שיחה, אבחון וטיפול. הטיפול מתבצע על מיטה טיפולית, כאשר המטופל שוכב על גבו בלבוש מלא. האווירה בזמן הטיפול רגועה ומאפשרת למטופל להירגע. המטפל מניח את ידיו על שתיים או שלוש נקודות בו זמנית, תוך כדי ריכוז והעברת אנרגיות מתאימות. הטיפול בנוי משניים עד שלושה מקטעים הנקראים "סיגמנטים" הבנויים מנקודה אחת המשמשת בסיס הטיפול הנקראת 'נקודת אם', ועוד 4-6 נקודות המדייקות את הטיפול.
אחד הכללים הבסיסיים של הטיפול הוא שכמטפל איני מרפא בעצמי את המטופל, אלא עוזר לגופו של המטופל לשחרר חסימות ולהניע את הצ'י במרידיאנים (הערוצים בהם זורמת האנרגיה). שיטה זו אינה פולשנית, ומשתמשת באנרגיית הגוף של המטופל ולכן אינה גורמת לנזקים.
הג'ין שין משתמש בכ- 60 נקודות ( מתוך כ- 600 נקודות) לאורך כל- 12 המרידיאנים הרגילים ו- 8 הערוצים המיוחדים. בחירת נקודות הטיפול נעשית על ידי המטפל בהתאם לתלונת המטופל, ועקרונות חמשת היסודות (אדמה, אש, עץ, מים, מתכת) תוך התחשבות בתהליך הטיפול בכללותו.